分公司和分支机构的主要不同点在于，公司设立的不具有企业法人资格的经营机构称为“分公司”;而由非公司企业设立的不具有企业法人资格的经营机构称为“分支机构”。在实践中，常常会把两者混淆。
两者的概念也是有所不同的。分公司是相对总公司而言的，是按照公司内部管辖关系所作分类，是指在公司经营过程中，因为业务需要依法设立的相对独立的分支机构，是在业务、资金、人事等方面受本公司管辖，但是不具有法人资格的分支机构。
分支机构是相对整个企业而言的，是指由企业法人为实现其职能而在总部之外设立的，可以自己的名义进行民事活动，但是不能独立承担民事责任的非法人组织，如分公司、分行、营业部、门市部、办事处等。
法律依据：
《中华人民共和国企业法人登记管理条例》
第三十四条
企业法人设立不能独立承担民事责任的分支机构，由该企业法人申请登记，经登记主管机关核准，领取《营业执照》，在核准登记的经营范围内从事经营活动。根据国家有关规定，由国家核拨经费的事业单位、科技性的社会团体从事经营活动或者设立不具备法人条件的企业，由该单位申请登记，经登记主管机关核准，领取《营业执照》，在核准登记的经营范围内从事经营活动。具体登记管理参照本条例的规定执行。