合同无效时合同中的违约金条款也无效。
在合同无效的情况下，有三种条款是有效的：
一、合同中独立存在的有关解决争议方法的条款;
二、因合同无效返还由该合同取得的财产;
三、有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的应当各自承担相应责任。《合同法》规定，合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清算条款的效力。
但是，在实践中，违约金条款并不是结算和清算条款，结算和清算条款的意思是就有关报酬、费用等方面如何计算的问题。同时，违约金条款也不是争议解决条款。争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等。无效合同中关于违约金条款，是先有约定，违反约定才会适用本条款追究违约责任，现在“约定”无效了，不存在违约的情形，那么自然也就不可能适用本条款。无效合同自始无效，违约条款在无效合同中也自始无效，只能要求造成合同无效一方承担缔约过失责任或赔偿责任。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第九十八条
【结算、清理条款效力】合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。