只有内部股东确认书而未办理股东登记，是否影响股东地位

不影响。
《公司登记管理条例》规定，“有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。”显然，《公司法》第74条规定的是股东变更的内部登记，《公司登记管理条例》的规定是股东变更的工商登记，登记的目的是向社会公示股权的变更结果。
但是，工商登记只是“公示性”登记，而不是“生效性”登记。即股权的变更不是以是否进行了“工商登记”作为是否“生效”的条件。因此，只要当事人之间达成了股权转让协议，并履行了协议，新股东行使了股东权利，公司也认可了新股东的地位，股权转让是有效的，只是不能对抗善意第三人。

风险提示：股权变更后，为了明确相关事项，公司应完善公司内登记文件，修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载，以使股权变更后的公司章程和股东名册能够反映公司股东的真实情况，使各股东的合法权益得到保障。