转让厂房建筑所占的土地转让协议是否无效

具体看土地是怎么划分的：
如果是农村集体土地是不能转让的，转让协议无效，但是可以使用。
如果是国有土地是可以转让的，转让协议有效。

也要看具体取得的方式：
《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十条的规定：以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。

以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产报批时，有批准权的人民政府按照国务院规定决定可以不办理土地使用权出让手续的，转让方应当按照国务院规定将转让房地产所获收益中的土地收益上缴国家或者作其他处理。