员工提出辞职后公司还能做出违纪解除处理吗

不能。员工辞职通知到达公司时，合同已经解除，解除权为形成权，公司客观上不具备违纪解除的条件。
劳动者的辞职理由、时间不同，产生的法律后果不同，需要分情况分析。
众所周知，劳动者只要提前三十日（试用期内提前三日即可）以书面形式通知用人单位，就可以解除劳动合同。辞职的法律效力可以分以下几种情形：
1、劳动者书面辞职报告中，明确表示是提前三十日通知解除劳动关系的，双方劳动关系自三十日届满后解除，而无需用人单位批准同意。这种情形，属于最常见的劳动者行使合法的辞职行为，没有经济补偿金。
2、劳动者提出辞职，用人单位当即同意的，劳动关系当日解除，当然双方就离职期限另有约定的，从其约定。这种情形属于劳动者提出并与用人单位达成协商一致解除，没有经济补偿金。
3、劳动者没有提前三十日（没有约定离职时间径自离职或者明确的离职时间不足三十日）书面通知，也没有征得用人单位同意辞职，双方劳动关系自劳动者离开之日解除，属于劳动者违法解除（没有法律依据）。如果因此对用人单位造成损失的，用人单位可以要求劳动者承担赔偿相应的损失。
4、劳动者以用人单位未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险等特殊情形为由提出的辞职。此时，虽然名为辞职，但属于劳动者根据法定情形提出解除劳动合同并获得经济补偿金情形（辞职理由必须明确系《劳动合同法》规定第三十八的情形）。
第一、二、三种情形公司没有损失的情况下没有必要再作出违纪解除的处理，也不需支付经济补偿金。第四种情形因涉及是否应当支付经济补偿问题，公司可以根据员工的违纪行为提出过失性辞退，单位不用再支付经济补偿。

风险提示：在员工提出辞职后公司主张违纪解除合同，这两种解除合同的方式可能存在的差异在于公司需不需要支付经济补偿金的问题。员工如果有正当理由要求离职并主张经济补偿金的情况，公司可以员工存在违纪行为进行抗辩，如果双方不能协商一致，可以申请劳动仲裁。