员工不辞而别（自动离职）后，尚未发放的工资公司能否不予发放？

不能。《工资支付暂行规定》用人单位不得克扣劳动者工资，除非有因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
也就是说即便是自动离职，公司也没有理由和权利扣除工资。
在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。若用人单位有条件支付剩余工资的，应及时足额支付，并通知劳动者前来领取工资，若劳动者未按通知前来领取，用人单位不承担工资拖延的责任。
若存在工资支付障碍的前提下（例如无工资卡、无法联系本人），用人单位可以暂缓工资支付。
如果企业联系不上员工，可以视作旷工处理。企业内部规章制度一般都会规定旷工多少天属于严重违纪，按照《劳动合同法》的规定，员工严重违纪，企业可以解除劳动合同。企业单方面解除劳动合同后，应给员工发出一个书面通知，通过EMS快递送达员工处，从而免除后顾之忧。

风险提示：劳动者违反劳动合同法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任。