刑事案件中专门管辖指哪些法院

专门管辖，是指各种专门人民法院审判刑事案件的职权范围。它解决的是哪些刑事案件应当由哪些专门人民法院审判的问题。
根据人民法院组织法的规定，我国设立军事法院等专门人民法院。目前已建立的受理刑事案件的专门人民法院有军事法院、铁路运输法院。
《刑事诉讼法》第27条规定：专门人民法院案件的管辖另行规定。在司法实践中，军事法院管辖的刑事案件，主要是现役军人和军内在编职工违反刑法分则第十章，犯军人违反职责罪的犯罪案件。铁路运输法院管辖的刑事案件，主要是铁路运输系统公安机关负责侦破的刑事案件，如危害和破坏铁路交通和安全设施的犯罪案件，在火车上发生的犯罪案件，铁路职工违反规章制度、玩忽职守造成严重后果的犯罪案件等。
司法实践中，存在军队和地方互涉案件的管辖权争议问题，应该依据相关的司法解释，分别不同情况处理：
1、现役军人(含军内在编职工，下同)和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖;涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。
2、地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖以下案件：
(1)非军人、随军家属在部队营区犯罪的;
(2)军人在办理退役手续后犯罪的;
(3)现役军人入伍前犯罪的(需与服役期内犯罪一并审判的除外);
(4)退役军人在服役期内犯罪的(犯军人违反职责罪的除外)。