确认股东资格除斥期间已过怎么办

确认股东资格不适用除斥期间，而适用诉讼时效。若诉讼时效已过，则有如下处理办法：
当事人仍然能够就确权等相关事项，向人民法院起诉，若另一方未提出诉讼时效抗辩的，则人民法院应当予以支持确权，若提出抗辩的，则请求确权的一方丧失胜诉权。
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

风险提示：诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。