可以在公司章程中约定剥夺股东的某些权利吗

不可以，股权是股东因出资而享有的固有权利，是股东的合法财产权，股东合法财产的处分权，只能由股东本人行使。公司章程无权剥夺股东股权，被剥夺股权的股东可以采取协商、诉讼等方式维护自身权益，夺回应有的股权。
只有有限责任公司的股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资，公司以股东会才可以决议解除该股东的股东资格，其他形式都是无权剥夺股东权的。

风险提示：倘若公司已经通过股东大会决议或者修改公司章程的方式，强行剥夺股东股权的，即可认定为违法行为，受害者股东应当积极通过法律途径维护自身的合法权益，索回股权及追讨赔偿。这种情况下，建议尽早委托专业公司法律师协助处理，理清其中复杂的法律关系，收集证据资料，提出最合适的赔偿要求。