开发商允许业主加盖顶层有效吗

无效。这是因为：楼顶属于全体业主共有。业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。《最高人民法院关于审理建筑物区分所有权纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》也规定“除法律、行政法规规定的共有部分外，建筑区划内的以下部分，也应当认定为共有部分：（一）建筑物的基础、承重结构、外墙、屋顶等基本结构部分，通道、楼梯、大堂等公共通行部分，消防、公共照明等附属设施、设备，避难层、设备层或者设备间等结构部分；……”本案所涉楼顶作为整个房屋的基本结构部分，无疑应属于全体业主共有。另一方面，房产公司与你有关楼顶加层的约定无效。改建、重建建筑物及其附属设施，应当经专有部分占建筑物总面积三分之二以上、且占总人数三分之二以上的业主同意。而你与房产公司的加层约定，不仅未经业主共同决定，客观上也由于你们的恶意串通而侵犯了其他业主的利益。对此，“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益”、“违反法律、行政法规的强制性规定”的合同无效，由此取得的财产收归国家所有或者返还集体、第三人，故准备用来建造加层的楼顶本属全体业主共有，即不可建设楼顶加层。
《民法典》第二百七十一条，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。
《民法典》第二百七十二条，业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。