结算后签订的代扣款协议的性质如何认定

建筑工程经竣工验收之后，结算工程款时签订的代扣款协议，应该被认定为双方签订的结算和清理条款，该协议的效力独立于之前的建设工程合同，是一份独立的合同，具有独立性。签订合同的任何一方未履行合同或履行不符合约定就构成违约，应该承担相应的违约责任。

风险提示：工程欠款的相关注意事项：
1、施工企业要预防拖欠工程款发生，加强企业管理，特别要加强对施工合同、施工质量、工期的管理。要调整经营结构，将承包工程的重点放在有实力、信誉比较好的业主和项目上。承接任务时必须对业主的业绩、资信进行详细的调查，对待垫付资金等工程要十分谨慎，要将垫付工程提高到投资行为管理的高度来对待。
2、对已拖欠的工程款，要认真做好清欠工作，组建专门机构，成立由公司、分公司、项目部三级清欠小组，建立拖欠款回收月报表制度，要把责任指标落实到部门和人头。对于态度恶劣、有钱不还，故意赖账的业主应不惮于诉诸法律。