强奸案件中的立案证据一般主要有以下几种：
1.被害人陈述。被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。
2.犯罪嫌疑人供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。
3.发现场遗留的物证：如或可证明有性行为发生的场物品类证据，如 遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。
4.受害人可能遭受暴力的物品类证据，如被撕扯破的衣物、衣扣等;遗留的刀具、棍棒等凶器等。
5 .受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品。
6.现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加春药、麻醉剂的现象，此类物证也 需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条
可以用于证明案件事实的材料，都是证据。
证据包括：
(一)物证;
(二)书证;
(三)证人证言;
(四)被害人陈述;
(五)犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解;
(六)鉴定意见;
(七)勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录;
(八)视听资料、电子数据。
证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。
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