阻碍执行职务和妨害公务的区别有：
1、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则是国家安全。
2、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员;后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性。在犯罪方法上，前者通常必须以暴力、威胁方法实施;后者则不限于此，以和平演变等方式危害国家政权、破坏国家统一的，也构成犯罪(武装叛乱、暴乱罪除外)。最后，从犯罪的危害结果看，前者为抽象危险犯或实害犯，后者则系行为犯。
3、从犯罪主体来看，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家重要职位，具有较大政治影响力的人;而前者的主体多见为普通公民。
4、犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此;后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十七条
【妨害公务罪】以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。
在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责的，依照第一款的规定处罚。
故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未使用暴力、威胁方法，造成严重后果的，依照第一款的规定处罚。
暴力袭击正在依法执行职务的人民警察的，依照第一款的规定从重处罚。