工程纠纷的案件，比一般的经济案子复杂，应从劳务分包合同本质确定管辖法院。劳务作业分包是将简单劳动从复杂劳动剥离出来单独进行承包施工的劳动。其自身具有特征既不是劳动合同，也不是在发包人与承包人之间劳务关系的合同，更不是企业或单位内部的劳务合同。劳务分包合同是基于建设工程施工合同派生出来的合同关系，是建设工程施工合同的一部分，从性质上说其属于建设工程施工合同。
《中华人民共和国民事诉讼法》规定:“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”因此，当事人约定仲裁管辖是不能突破专属管辖的。《民事诉讼法解释》第二十八条第二款规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第三十四条
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
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劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
通常由被告所在省，自治区，直辖市人民政府所在地或经济特区的中级人民法院管辖，作为第一审法院。或者有侵权行为所在的省自治区，直辖市人民政府所在地的中级人民法院，或经济特区的中级人民法院管辖。
仲裁委。由用人单位所在地或劳动合同履行地劳动争议仲裁委员会管辖。劳动者和用人单位分别向上述管辖地申请的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖；)如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖等。
因施工工程属于不动产，按照法律规定，不动产纠纷由不动产所在地法院管辖，即工程所在地法院管辖。这属于专属管辖的规定，当事人不能以合同约定排除专属管辖的规定。
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