依据刑事诉讼法的规定，检察机关将案件退回公安机关补充侦查两次后，证据还是不足的，一般会作出不起诉的处理决定。
侦查是指刑事诉讼中的检察院、公安等机关为了查明犯罪事实、抓获犯罪嫌疑人，依法进行的专门调查工作和采用有关强制性措施的活动。一般从立案开始，到案件作出是否移送起诉的决定时止。所谓“专门调查工作”，是指为完成侦查任务依法进行的讯问、询问、勘验、检查、搜查、扣押物证或书证、鉴定、通缉等; 所谓“有关强制性措施”包括“两类”，一是许多专门调查工作如讯问、搜查、扣押、通缉等本身所含有的强制性。二是专门针对犯罪嫌疑人适用的拘传、取保候审、监视居住、拘留和逮捕等强制措施。
侦查的主要任务是查明案件事实。刑事诉讼可分为侦查、起诉和审判三大程序阶段，侦查活动主要在侦查阶段进行，但在起诉和审判阶段，如果认为案件事实尚需进一步查明，依法可以进行补充侦查。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。 对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。