诉讼时效是为了督促权利人及时的行使权利，超过诉讼时效的，权利人不再享有胜诉权。根据《民法通则》第一百三十五条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年。2017年10月1日颁布实施的《民法总则》规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。民法总则的颁布实施，将诉讼时效期间从2年调整为3年。因此，目前来讲，因工程款发生纠纷的，权利人向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效为3年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
对于诉讼时效先后交叉如何适用问题，最高人民法院出具司法解释规定：民法总则施行之日，诉讼时效期间尚未满民法通则规定的二年或者一年，当事人主张适用民法总则关于三年诉讼时效期间规定的，人民法院应予支持;民法总则施行前，民法通则规定的二年或者一年诉讼时效期间已经届满情形下不再适用民法总则关于三年诉讼时效期间。
鉴于诉讼时效影响胜诉权，当事人应当及时提起诉讼或申请仲裁请求保护其权利，或者在诉讼时效期间内，积极向义务人提出履行请求并注意证据的搜集和保留。
法律依据：
《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。