工程欠款是指发包方应当按照约定或法律规定支付工程预付款或按工程进度支付进度款而未支付，对承包方所形成的欠款，该行为属于违约行为;所谓垫资，是指发包方和承包方通过书面形式约定发包方支付部分或不支付任何款项，由承包方先行垫资施工，垫资一定是双方真实意思表示，并且在施工合同中应当明确约定。
鉴于工程欠款属于发包人的违约行为，因此具有惩罚性，垫资是发包人和承包人协商一致的产物，更加注重双方之间的合意。两者最主要的区别体现在：对于垫资，首先当事人是否约定是垫资，如果约定是垫资就按垫资来处理，这时可以请求返还垫资，如果对垫资还约定有利息的，也可请求支付利息，但是约定的利息计算标准高于同期同类贷款利率的部分除外。如果对垫资没有约定利息的，是不能要求支付垫资利息的。如果当事人对垫资没有约定的，就按工程欠款来处理。对于工程欠款，无论是否约定有利息，都是要支付利息的，没有约定的按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息，约定的按约定处理，这时约定的利息计算标准也不再受同期同类贷款利率的限制。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条
当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理;没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。