根据不同的结算方式，工程结算开始的时间有所不同。
(1)按月结算方式
实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
(2)竣工后一次结算方式
建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。
(3)分段结算方式
即当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。
(4)目标结算方式
即在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。也就是说，将合同中的工程内容分解成不同的验收单元，当施工单位完成单元工程内容并经业主验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。
在目标结算方式下，施工单位要想获得工程价款，必须按照合同约定的质量标准完成界面内的工程内容，要想尽早获得工程价款，施工单位必须充分发挥自己的组织实施能力，在保证质量的前提下，加快施工进度。
(5)结算双方约定的其他结算方式。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》 第十三条
工程进度款结算与支付应当符合下列规定：
(一)工程进度款结算方式
1、按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
2、分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。