首先要有董事会或股东会决议注销分公司，根据这个决议由纳税评估人员制作《纳税评估报告》,这个是税务局内部文书,纳税人看不到的,经分管领导签字后就可以办理注销手续,强调一下,是要查账的,但不是清算分公司的所得,而是稽核分公司相关的税费有没有交足,有无违章未处理,有无拖欠税款,分公司不是法人机构，是不需要出具清算报告的。
分公司注销登记应提交的文件、证件如下：
第一《企业注销登记申请书》；
第二《指定（委托）书》；
第三依照《公司法》作出的决议或决定或行政机关责令关闭的文件或法院的破产裁定；
第四股东会或有关机关确认的清算报告；
第五三次注销公告报样（第一次公告之日起 90 日后，方受理您的注销申请）；
第六税务部门出具的完税证明；
第七《企业法人营业执照》正、副本。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第一百八十三条
公司因本法第一百八十一条第(一)项、第(二)项、第(四)项、第(五)项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人 民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
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