1、贷款利率不同
公积金贷款：4.5%
商业贷款：6.55%
2、审批速度不同
商业贷款比公积金贷款要快很多，商业贷款在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理。
3、用途不同
商业贷款可以用来买住宅、商住。公积金贷款只能用于买住宅、装修等。
4、贷款额度不同
一般来讲，普通购房者在办理商贷时，除自身收入情况会影响到贷款额度外，商业银行的住房贷款额度上限足够用，而公积金受缴纳人群及地区特点，对个人及家庭贷款额度是有所限制的。

法律依据：
《住房公积金管理条例》第二十七条 申请人申请住房公积金贷款的，应当提供担保。