厂房拆迁补偿，主要包括土地使用权的补偿，地上厂房及附属物的补偿，停产停业损失的补偿，设施设备搬迁补偿等。双层厂房与单层厂房之间其实没有本质的差别，应该按照实际面积、建筑结构、房屋新旧程度等评估补偿，实践中，双层厂房拆迁补偿纠纷主要体现在，拆迁方对一层厂房正常补偿，而一层厂房以上的部分，则找出各种借口压低补偿或者不予补偿，比如说建造成本低、没有建设手续、结构过于简单、使用用途不一样等等，被拆迁人遇到这个问题，一定要及时咨询专业的征地拆迁律师，通过法律途径争取公平、合理的补偿。
法律依据:
《浙江省城市房屋拆迁管理条例》
《中华人民共和国房产税暂行条例》