1、贷款利率不同
公积金的贷款利率比商业贷款利率低，五年以上公积金贷款利率为3.25%。而商业贷款利率五年以上贷款利率为4.9%，不同银行所执行的贷款利率在这个基准利率之上有所浮动。
2、贷款机构主体不同
住房公积金贷款管理主体是住房公积金管理中心，而商业住房贷款管理主体是各商业银行。
3、贷款的资金来源不同
住房公积金个人贷款是以住房公积金为资金来源，向缴存住房公积金的职工发放的用于购买自住住房的住房保障型贷款，是一种不以盈利为目的的政策性贷款。商业贷款是以房产作为抵押物，向银行等金融机构获得一次性借款的交易，是以赢利为目的，由商业银行审核发放的一种贷款方式。
4、贷款对象不同
住房公积金的贷款对象要具有完全民事行为能力，按月足额缴存了6个月以上的公积金，职业和收入稳定，有偿还贷款本息的能力，具有良好的个人信用状况，并且同意提供中心认可的贷款担保，并认可贷款合同条款的约定。而商业性住房贷款的对象是经资信考察合格，具有还款能力的自然人。一般来说，信用良好，有还款能力的人都可以办理商业贷款。
法律依据：
《个人住房贷款管理办法》第七条
借款人应直接向贷款人提出借款申请。贷款人自收到贷款申请及符合要求的资料之日起，应在三周内向借款人正式答复。贷款人审查同意后，按照《贷款通则》的有关规定，向借款人发放住房贷款。