1、产权的区别。
很多安置房不是完全产权，即具有完全的房屋所有权，却不一定具有完全的土地使用权。很多安置房的土地性质是划拨土地，也就是没有缴纳出让金。而商品房是完全产权，即完全的房屋所有权和完全的土地使用权，土地性质是出让，也就是缴纳了土地出让金。所以，安置房在以后再次交易时，可能会被要求补缴土地出让金。当然，目前安置房交易并没有要求这样，但法律规定是要缴纳的，所以，一但政府出台政策，那就很可能要交。
2、质量上的区别。
安置房往往建设利润被限制的很死，因此，建筑商往往能偷工减料就偷工减料以增加利润。加上职能部门监管不力或者甚至沆瀣一气，造成普遍上安置房的质量不如商品房。当然，也有比较负责的或者示范工程之类的，质量相对较好的安置房，但是不多，能碰上算是中彩票了。
3、交易时间的限制。
不少安置房都有交易时间限制，也就是规定在几年内不得上市转售。商品房没有这方面的规定，只要是你买到的已经办理过登记的现房，就可以上市交易。不过，商品期房，法律上是不允许转售的。
法律依据:
《商品房销售管理办法》
第七条 商品房现售，应当符合以下条件：
（一）现售商品房的房地产开发企业应当具有企业法人营业执照和房地产开发企业资质证书
（二）取得土地使用权证书或者使用土地的批准文件；
（三）持有建设工程规划许可证和施工许可证
（四）已通过竣工验收；
（五）拆迁安置已经落实
（六）供水、供电、供热、燃气、通讯等配套基础设施具备交付使用条件，其他配套基础设施和公共设施具备交付使用条件或者已确定施工进度和交付日期；
（七）物业管理方案已经落实。
《济南市城市房屋拆迁管理办法》第六条