仲裁协议的有效解释原则，是以仲裁协议的独立性为其理论基础的。仲裁协议的独立性理论或者仲裁条款自治理论，在于将一个包括仲裁协议或者仲裁条款的合同，视为由两个相对独立的合同构成的整体，其中一个为实体性质的合同，即约定当事人双方民事实体方面的权利义务等，与此相对应的是合同实体法;另一个为程序性质的合同，即形式上表现为仲裁协议或者仲裁条款，与此相对应的是合同程序法。仲裁协议的独立性理论集中到一点，就是合同未成立、或者成立以后未生效或者被撤销的，不应当影响仲裁协议或者仲裁条款的有效性。
仲裁协议的独立性不仅有理论基础，而且有明确的法律依据。根据我国仲裁法第5条关于“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外”的规定，当事人之间存在着解决争议的仲裁协议，而一方当事人又将其争议提请人民法院通过诉讼解决的，人民法院应当不予受理。据此，一项有效的仲裁协议可以排除人民法院的司法管辖权。更能体现仲裁协议独立性的是仲裁法第19条第1款的规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”同时合同法第57条也明确规定：“合同无效，被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。”