单位犯非法经营罪的，对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员除依法判处自由刑外，还应并处违法所得一倍以上五倍以下的罚金。在确定罚金数额时，可分以下几种情况判处：一是能够查清个人违法所得数额的，判处个人违法所得一至五倍的罚金;
二是单位非法经营亏损，个人确实没有违法所得的，根据个人的犯罪情节及缴纳能力，依照最高法院《关于适用财产刑若干问题的规定》，酌情判处不少于一千元的罚金;
三是违法所得名义上归单位占有，实际被个人以各种名目任意挥霍，或者有迹象表明个人从中获利的，可以考虑以名义上归单位的违法所得为基数判处罚金。总之，应当兼顾两个方面：一是对于严重破坏市场经济秩序的犯罪，一定要依法判处财产刑，决不能让犯罪分子在经济上占到便宜。二是在经济上制裁犯罪时，也应当注意体现刑法的公正性，不能把本应由单位承担的刑罚，转嫁或者同时判给个人承担。
法律依据:
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条 【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的;
(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。