因为工程款与质量责任是两个不同性质的款项，乙方施工完毕后如果经过竣工验收或交付使用，那么甲方应该支付工程款。至于工程质量问题，属于甲方另行主张的权利。
何况经过了竣工验收的工程，乙方承担的是质量问题的修复责任；交付的工程，乙方只对主体结构的质量问题承担责任。这些都需要甲方证明。
如果工程没有经过竣工验收，也没有交付，甲方扣款不承担违约责任。因为甲方有权不支付工程款，或者属于支付工程款条件不成就。
法律依据：
第十四条
当事人对工程造价、质量、修复费用等专门性问题有争议，人民法院认为需要鉴定的，应当向负有举证责任的当事人释明。当事人经释明未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料的，应当承担举证不能的法律后果。 一审诉讼中负有举证责任的当事人未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料，二审诉讼中申请鉴定，人民法院认为确有必要的，应当依照民事诉讼法第一百七十条第一款第三项的规定处理。
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在实践中，客户一般是合同的甲方，并非法律规定，而是习惯形成。在合同双方拟定合同中，既可以将客户列为甲方，也可以列为乙方，从法律上来说没有什么区别。
在拟定合同中，甲乙方并非固定对应某当事人，当事人既可以是合同甲方，也可以是合同乙方，双方的权利义务关键还是根据合同条款约定。一般来说，在交易中，需方居于主导地位，话语权更大的是甲方。
面对甲方不结算的，首先，承包人可以先和发包人确认无争议部分的工程造价，将有争议项目单列，与发包人另行协商或向法院提起诉讼。其次，就整个竣工结算造价或有争议部分提起诉讼或仲裁。
方法一、申请更正登记。《房屋登记办法》第七十四条规定：“权利人、利害关系人认为房屋登记簿记载的事项有错误的，可以提交下列材料，申请更正登记”。
物业合同一般是指物业服务合同，是指物业服务企业与业主委员会订立的，规定由物业服务企业提供对房屋及其配套设备、设施和相关场地进行专业化维修，在该合同中甲方一般情况下是业主委员会。
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