1.案件来源不同自诉案件由被害人或其法定代理人、近亲属直接向法院提起。公诉案件由公安机关侦查,检察院审查起诉后向法院提起。2.犯罪性质和危害程度不同自诉案件多为侵犯公民个人权益,情节较轻,如侮辱诽谤案、暴力干涉婚姻自由案等。公诉案件涉及危害国家安全、公共安全以及严重侵犯公民人身权利等重大犯罪。3.当事人权利不同自诉案件中,被害人有更多主导权,可自行决定是否起诉、撤诉等。公诉案件中,被害人主要通过附带民事诉讼主张民事赔偿,由检察院代表国家提起公诉。4.举证责任不同自诉案件中,自诉人需承担举证责任。公诉案件由检察院承担举证责任。5.刑罚轻重不同自诉案件刑罚相对较轻。公诉案件刑罚幅度更广,可判处更重刑罚。
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