有纠纷的宅基地在解决纠纷后可以确权。首先，宅基地存在纠纷时，无法确定其归属，所以不能直接确权。应先通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。其次，若纠纷解决，明确了宅基地的合法权益归属，便可以进行确权登记。例如，依据《土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。最后，经法定程序确定权益后，相关部门会根据实际情况，对符合条件的宅基地进行确权，颁发权属证书，保障权利人合法权益。
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