非法采矿一般由自然资源部门立案。根据《矿产资源法》规定国务院地质矿产主管部门主管全国矿产资源勘查、开采的监督管理工作。省、自治区、直辖市人民政府地质矿产主管部门主管本行政区域内矿产资源勘查、开采的监督管理工作。县级以上地方人民政府负责地质矿产管理工作的部门负责本行政区域内矿产资源勘查、开采的监督管理工作。自然资源部门在发现非法采矿行为后会依法进行立案调查收集相关证据对违法行为进行查处以维护矿产资源管理秩序和生态环境。同时对于涉嫌犯罪的会依法移送公安机关进一步侦查处理公安机关会依据《刑法》中关于非法采矿罪等相关条款进行刑事立案。
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