工程垫资的本质是承包垫付的工程款，一般认为工程垫资有这样三个特征：
第一，垫资在建设施工合同里有着明确的约定;
第二，所垫资金必须用于施工合同项下的工程建设;
第三，垫付的范畴是本应由发包人支付的工程款。
最高院关于建设工程的《施工合同纠纷解释》第六条规定：当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。第二款规定：当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。
可见，从司法实践来看，保护垫资者的利益，垫资约定有效是司法领域的一个观念转变。垫资的资金，本质上来讲是工程款的一部分，应由发包方支付给承包方以供支付材料、设备、人工等费用，但发包人通过约定不支付，转而由承包方自筹资金垫资周转。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。第二款规定：当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。