犯罪嫌疑人认罪认罚的情况下，如果因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。但如果是因犯罪情度节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有案底。
《刑事诉讼法》
第十六条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚处罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有权告诉或者撤回起诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
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