如果协议有明确条款说明盖章后生效，但只有法人代表签字，没盖公章，协议还不能生效。没有这个盖章后生效的条款，双方有法人代表签字，没盖公章，协议就已经生效。
合同的生效是指已经成立的合同在当事人之间产生了一定的法律拘束力，也就是通常所说的法律效力。合同的成立与生效常常是紧密联系在一起的。当事人订立合同的目的，就是要使合同产生拘束力，从而实现合同所规定的权利和利益，如果合同不能生效，则合同等于一纸空文，当事人也就失去了订约目的。
一般认为应具备以下条件：
1、订约主体应为双方或多方当事人;
2、具备法律规定的要约与承诺这两个阶段或过程;
3、对主要条款达成一致的意思表示(有些情形还需要某种形式作为载体来进行表现)。此外，对于实践性合同来说还应把实际交付物作为成立要件。如果具备以上条件，合同就能成立。至于成立的合同是否有效，还得看其是否“依法”成立。只要是依法成立的合同，都应有效。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第三十二条
当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。