公司不按时缴纳税款，税务机关可以依法作出处罚决定：
1、罚款。
(1)公司没有按时申报纳税的，可以罚款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条明确，纳税人没有按时申报纳税的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
(2)公司没有按时缴纳税款的，也可以罚款。该法六十八条明确，纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依法采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
2、没收违法财物和违法所得。这是行政处罚法常见的一种行政处罚方式，一般在税收处罚中较为少用，更多的体现为税收机关就未交或少交的税款加收滞纳金。
3、停止出口退税权。事实上，当公司没有按时缴纳税款的，税务税务机关是有权根据实际情况，限制或免除已给予公司的税收优惠政策的，如不予退税、少退税、限制退税等。