工程结算的程序应注意以下几个方面：
1、工程结算的前提是工程竣工验收合格。每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
2、四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
3、每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。
4、监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。
5、甲方的预算，原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方的预算及工程人员配合完成结算工作。
6、甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。
7、双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。
8、结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》第十三条
工程进度款结算与支付应当符合下列规定：
(一)工程进度款结算方式
1、按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
2、分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。