合同“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的补充协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。已经存在的合同作为主合同不以“补充协议”的存在为前提，或者说不受“补充协议”的制约而独立存在。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第四十四条
依法成立的合同，自成立时生效。
法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
《中华人民共和国合同法》第七十七条
当事人协商一致，可以变更合同。法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。