在我国以往的司法实务中，对于因盗窃、侵占、挪用、贪污、诈骗、抢劫等犯罪行为侵犯的权利人的财产，一般是由司法机关在追究犯罪的过程中，依据《刑法》、《刑事诉讼法》及《治安管理处罚法》等有关法律法规的规定予以追缴，并在追缴后退回给权利人。
对于赃款、赃物再次发生流转的，例如用抢劫或者盗窃的钱购买股票，将侵占的单位生产原料用于向其他公司投资等，再次发生流转以后如何保护善意第三人的合法权益，我国目前还没有统一的法律规定。结合司法实践情况，结合公司设立的情形，对于出资的财产系犯罪行为所得，并且已经办理了向公司交付手续的，可以采取以下方式处理：
对于设立公司时，存在获得货币、无记名有价证券或者其他财产系犯罪所得并被股东用于出资的情况下，如果公司对此不知情，则公司没有返还的义务;
针对犯罪行为追缴赃款赃物时，一般以变卖股权的方式予以处理为宜。
如果返还原物有法律依据时，应当考虑是否向公司支付合理对价问题。
法律依据：
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国《公司法》>若干问题的规定(三)》
第七条出资人以不享有处分权的财产出资，当事人之间对于出资行为效力产生争议的，人民法院可以参照物权法第一百零六条的规定予以认定。
以贪污、受贿、侵占、挪用等违法犯罪所得的货币出资后取得股权的，对违法犯罪行为予以追究、处罚时，应当采取拍卖或者变卖的方式处置其股权。