保函主体的选择需从以下几方面入手：第一，选择资质信用良好的发包人。投标前承包人需多方搜集发包人信息，做好投标前的尽职调查，切忌盲目投标;第二，选择适格保函担保人。保函担保人可以是在国内注册的有资格的银行、专业担保公司、保险公司。适格的保函担保人能够提供规范的保函业务，尽到应有的审核义务;第三，杜绝工程挂靠或转包行为。工程挂靠或转包是违反法律规定的无效行为，使保函主体关系复杂化，将会带来无尽的法律风险。
法律依据：
《招标投标法》
第46条第2款：招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。
《建设工程施工合同》
第41条：发包人承包人为了全面履行合同，应互相提供以下担保：发包人向承包人提供履约担保，按合同约定支付工程价款;承包人向发包人提供履约担保，按合同约定履行自己的各项义务。