股东会能否直接撤销或变更董事会的决议，应区别处理：
(一)内容违反法律、行政法规的董事会决议
根据我国公司法规定，股东会有权宣告此类决议无效。
(二)会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规、公司章程或决议内容违反公司章程的董事会决议
根据我国公司法规定，对于该类董事会决议股东会无权直接撤销或变更。
(三)违反股东会决议的董事会决议
股东会是公司法确立的公司的权力机构，股东会有权予以撤销或以股东会决议的形式要求董事会自己撤销。
(四)董事会超越职权范围所做董事会决议的撤销。
在董事会的决议超出其职权范围时，作为公司权力机构及最高决策机构的股东会有权进行追认、变更、废除或予以撤销。
(五)董事会在其职权范围所作出不存在瑕疵的董事会决议。
该类决议系董事会依法、依规履行职责所形成的，股东会无权予以变更或撤销。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第二十二条
公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。