公章一般是单位处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件具有法律效力。合同章是专门用于合同签订的印鉴，在签订合同方面两者效力一样，只要是真实的，都具有法律效力。
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
1、因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。第二、用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务。
2、因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。
因此公司在签订合同时加盖合同专用章，可以使得合同生效经过法律部门人员的审查把关，能够有效防止合同不经法律审查就直接对外签订生效问题的出现，能够更好的建立和完善合同避险制度，严格把控合同签订时的法律风险。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第三十二条规定， 当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
《最高人民法院关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题》第四条规定，个人借用单位的业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书，以出借单位名义签订经济合同，骗取财物归个人占有、使用、处分或者进行其他犯罪活动，给对方造成经济损失构成犯罪的，除依法追究借用人的刑事责任外，出借业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书的单位，依法应当承担赔偿责任。但是，有证据证明被害人明知签订合同对方当事人是借用行为，仍与之签订合同的除外。