公司合并涉及公司、股东和债权人等相关人的利益，应当依法进行。根据《公司法》的规定，公司合并办理程序通常如下：
1、董事会制订合并方案。
2、签订公司合并协议，协议一般来说应当包括以下内容：
(1)公司的名称与住所。这里所讲公司的名称与住所包括合并前和合并后存续的。
(2)存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。
(3)合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。
(4)合并各方所有的债权、债务的处理方法。
(5)存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。
(6)公司合并各方认为应当载明的其他事项。
3、编制资产负债表和财产清单。资产负债表是反映公司资产及负债状况、股东权益的公司要的会计报表，会计合并中必须编制的报表。合并各方应当真实、全面地编制此表，以反映公司的财产情况，不得隐瞒公司的债权、债务。此外，公司还要编制财产清单，详实、准确、清晰地反映公司的财产状况。
法律依据：
《公司法》第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。