认定合同是整体无效，还是部分条款无效，取决于该无效条款在整个合同的作用。如果该无效条款为合同的目的条款或者核心条款，不能成为相对独立的合同无效部分，则合同整体无效。相反，则应认定合同部分有效，部分无效。
根据《合同法》的规定，有下列情形之一的，可认定合同或者合同条款无效：
(1) 一方以欺诈、胁迫的手段订立的损害国家利益的合同。
(2) 恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的合同。
(3)以合法形式掩盖非法目的的合同。
(4)损害社会公共利益的合同。
(5) 违反法律和行政法规的强制性规定的合同。
(6)对于造成对方人身伤害或者因故意或重大过失造成对方财产损失免责的合同条款。
(7)提供格式条款一方免除责任、加重对方责任、排除对方主要权利的条款。
合同一旦被相关机关认定为无效后，那么就是自始、确定、当然的无效，此时就需要根据导致合同无效的原因，来追究当事人的责任。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第五十二条
【合同无效的法定情形】有下列情形之一的，合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(三)以合法形式掩盖非法目的;
(四)损害社会公共利益;
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。