购房合同中发生纠纷一般有三种处理方式：自行协商、向房管部门投诉以及司法诉讼。需要根据纠纷发生的原因去具体选择。通常情况下，除了涉嫌诈骗等犯罪行为，受害者向公安机关提出报案、控告的情况，其余民事纠纷都可以通过自行协商的方式处理，双方通过口头协商达成一致意见后，签署书面的协议约定处理方案，按照协商好的处理方案履行即可。如果是房地产中介机构、开发企业售房过程中存在违法违规行为的，可以向其主管行政机关投诉，行政机关依据职权会进行相应的调查，对中介、开发企业决定是否给于行政处罚的同时，也可以居中调解。同时，权利收到侵害，遭受损失的一方有权向法院提起诉讼，通过民事诉讼的方式取得法院的裁判支持，之后可以通过申请强制执行的方式维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法总则》第一百八十七条
民事主体因同一行为应当承担民事责任、行政责任和刑事责任的，承担行政责任或者刑事责任不影响承担民事责任;民事主体的财产不足以支付的，优先用于承担民事责任。
《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。