当补充协议的约定与原合同的约定不发生矛盾时，补充协议和原合同都有效。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。前面签订的合同代表了当时双方的合意，而之后，双方可以经过协商，改变或增加合同中的部分条款。签订在后的合同表达了目前双方的合意。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。应该说两份合同都有法律效力，如果内容相互冲突，则后面的合同约定可以推翻前面的合同约定。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。
补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第六十一条
【合同约定不明的补救】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。