检察院公诉科办案不起诉由检察长和检察委员会决定。
我国对不起诉适用的程序包括：
(一)审查。经过审查起诉，认为需要作不起诉处理的，承办案件的检察官应当写出审查报告，经部门负责人审核，报主管检察长决定或由主管检察长提交检察委员会讨论决定。
(二)决定不起诉。不起诉的决定权由检察长和检察委员会行使。
(三)宣布和送达。
(四)不起诉的善后工作。不起诉决定宣告及送达后，应及时解除强制措施，解除扣押、冻结，对需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或没收其违法所得的提出检察意见并移送有关主管机关处理等。
(五)报请批准。根据《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定(试行)》规定，省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的要报上一级人民检察院批准。
法律依据：
《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定(试行)》第二条
省级以下(含省级)人民检察院办理直接受理侦查的案件，拟作撤销案件、不起诉决定的，应当报请上一级人民检察院批准。