法院在审理案件中，对于合同中的保底条款总体上倾向于认定其无效，具体由以下几种做法：
对于联营合同中的保底条款，因为司法解释明确规定其无效，因此只要确实合同属于联营合同，法院则判决其无效，即使该司法解释是1990年的，也许不合时宜，但是法院只管适用。
对于委托理财合同中的保底条款，法院会依据证券法的规定，认定证券公司与客户委托理财合同中的保底条款无效，对于非证券公司与委托人之间的委托理财合同中的保底条款，一般也认定为无效。
对于建筑工程参建联建合同中的保底条款，法院倾向于将参建联建合同认定为联营合同，从而认定其无效。
但是，对于中外合作经营企业合同和中的保底条款，法院倾向于认定为有效。
法律依据：
《最高人民法院关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》
四、关于联营合同中的保底条款问题
(一)联营合同中的保底条款，通常是指联营一方虽向联营体投资，并参与共同经营，分享联营的盈利，但不承担联营的亏损责任，在联营体亏损时，仍要收回其出资和收取固定利润的条款。保底条款违背了联营活动中应当遵循的共负盈亏、共担风险的原则，损害了其他联营方和联营体的债权人的合法权益，因此，应当确认无效。联营企业发生亏损的，联营一方依保底条款收取的固定利润，应当如数退出，用于补偿联营的亏损，如无亏损，或补偿后仍有剩余的，剩余部分可作为联营的盈余，由双方重新商定合理分配或按联营各方的投资比例重新分配。