保密协议是指对负有保密义务的人员在其在职期间对企业知识产权和商业秘密予以保密。
如保密协议的主体为用人单位和劳动者时。劳动者无论在职或离职后均不得将自己知悉的商业秘密和知识产权以任何形式告知任何第三方或者利用自己知悉的商业秘密进行自营等活动。但用人单位须给予履行保密义务的人员经济补偿金。
《中华人民共和国劳动合同法》对劳动关系中的违约金约定情形作出了明确规定，即用人单位仅可在两种法定情形下与劳动者约定违约金：其一为用人单位为劳动者提供专项培训费用，双方约定服务期，劳动者违反服务期约定时应向用人单位支付违约金;其二为用人单位与劳动者约定有竞业限制条款，劳动者违反竞业限制约定时应向用人单位支付违约金。也就是说，除法定的两种情形外，用人单位均不得与劳动者进行其他关于违约金的约定。
因此，保密协议中不得直接设定违约金，若约定违约金存在被认定为无效的风险。但这并不意味着保密协议中不可约定违约责任，保密协议中可约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。