工程款的支付一般分为两个流程，预付款支付流程和进度款支付流程。预付款一般的支付流程是施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署申请表然后交给财务部;财务部复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审批通过的申请表交给出纳安排付款。工程进度款的支付流程比预付款稍微复杂，通常是施工单位先向工程部提交《工程进度款支付申请表》，并附上已完工程的预算书;工程部审核当月完成的项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员;预算专员审核已完工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，预算专员签字确认;之后，预算专员将签字确认的申请表上交财务部审核。财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批;施工单位根据审核审批通过的申请表中的金额开具发票;施工单位将审核审批通过的申请表以及相同金额的发票上交到财务部，财务部再次复核申请表的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第二百七十九条
建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。