工程结算单的作用是施工双方当事人在工程结算单上签字的，在法律上属于双方对工程结算的确认，委托方应该按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款。如果委托方不按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款的，施工方可以依法向法院起诉。需要说明的一点这里的双方必须是工程双方有法定权限的代理人，一般情况下结算单也需要双方当事人的盖章，才能更好的保障工程结算单的效力。
但其只能作为起诉的证据之一，同时需要其他证据予以印证：如双方当事人在建设工程施工过程中形成的补充协议、会议纪要、工作联系单、工程变更单、工程签证、施工图纸、竣工图纸，以及其他往来函件、记录等书面证据，可以作为工程量计算和认定工程价款的依据。
法律依据
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条
当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。