工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。
预算部将结算资料交由相关成本控制人员进行资料符合性审核，针对资料的完整性，真实性，合理性，合法性进行详尽认真的审核，对于不符合要求，需要进一步补充的结算资料，通知工程部在要求的时间内整改，补充。预算部根据经符合性审核后的结算资料，收集相关审核依据资料。
预算部专业审核人员根据完整的，符合要求的结算资料进行结算审核工作，任何部门及人员不得以任何理由无理干涉结算审核工作，以免影响结算审核的客观真实性，公正性，合法性与合理性，在结算审核过程中，根据结算审核工作需要由相关部门，人员，进行配合的，相关部门，人员应积极配合，不得以任何理由拒绝，推诿，否则承担相应责任。
结算经过初审后，进行全面，详细复核，调整，使结算符合客观事实，做到真实，精确，科学合理，公正合法。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》：

第十六条　当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。

第十九条　当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。

第二十条　当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。

第二十一条　当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

第二十二条　当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。