工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位(业主)办理工程价清算的经济文件。工程建设周期长，耗用资金数额大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算(进度款结算)、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。 在会计科目设置中，工程结算，为建造承包商专用的会计科目。 工程结算是工程项目承包中的一项十分重要的工作。
工程结算补充协议是工程结算协议的补充，根据《合同法》相关规定，补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体;二是说明拟定补充协议的原因;三是协议补充的内容或变更的内容。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》第三条
本办法所称建设工程价款结算(以下简称“工程价款结算”)，是指对建设工程的发承包合同价款进行约定和依据合同约定进行工程预付款、工程进度款、工程竣工价款结算的活动。